El 13 de marzo Jovellanos es detenido en su casa de Gijón e inmediatamente deportado a Mallorca. El 18 de abril ya estaba en la cartuja de Valldemossa.
Ceán es cesado en el empleo de la Secretaría de Gracia y Justicia el día 1 de junio, represaliado por su amistad con Jovellanos. Ceán regresa a Sevilla por tercera y última vez en junio de 1801 a concluir su comisión en el Archivo de Indias, tal y como indica el asturiano en una carta a Isidoro Bosarte [Mss/21456/11].
Ceán solicita formalmente su adhesión a la Real Academia de la Historia desde Sevilla, el 12 de diciembre, y es creado correspondiente el 2 de enero de 1802, siendo director un paisano suyo, Francisco Martínez Marina (1754-1833).
Se le permite acudir pocas horas al archivo para que trabaje en las Noticias de los arquitectos y la arquitectura de España desde su restauración, el manuscrito que le proporcionó Eugenio Llaguno. Para su redacción va recibiendo informaciones de amigos durante los años siguientes como las proporcionadas por José Córnide: “Noticia de los arquitectos árabes de que la hallamos por las inscripciones” [BNE: Mss/21458/7].
